電玩攻略異世界

第一章 新來的轉校生
　　
　　這晚，第三新東京市附近出現了神秘的人開動兵器。居民們十分恐慌，而明時與真嗣也看到了這一切。接著真嗣因看到了不該看的情景，而被明日香一腳踢飛。
　　
　　第二天清晨，真嗣、綾波麗和明日香三人一直上學。明日香雖然一路上嘮叨沒完，但真嗣與綾波麗卻一副漠不前心的樣子。三人以猜拳定勝負，最後輸的果然又是真嗣，于是他只好一個人背著三人的書包上路。
　　
　　來到學校，劍介與東治迫不及待的告訴真嗣，今天會有一名轉校生到來，听說是個剪短發目性格開朗的女孩子，名子叫霧島真奈。
　　
　　課堂上，老師將真奈介紹給全班，並安排她坐在真嗣的旁邊。真奈似乎對真嗣很有好感，不斷主動和真嗣說話。下課後，真奈來到真嗣身邊，態度十分親近。她還邀真嗣登上學校的屋頂，兩人一起眺望第三新東京市。“真嗣君，你是EVA的駕駛員吧。”不知何故，真奈對真嗣的身份十分了解。接著，她將自己的項鏈送給了真嗣。明日香突然到來，她通知真嗣立刻前往NERV總部。
　　
　　電車風馳電掣般開往NERV總部，三位適格者坐在長椅上做著自己飛慣的事。綾波始終低著頭看書，真嗣則專心至致的听著WALKMAN，明日香依舊口中滔滔不絕，這次被攻擊的對象是新同學霧島真奈。當她發現真嗣根本沒听自己的話而只顧听音樂時，一怒之下將那部WALKMAN摔到了地上。真奈出人意料的在電車上出現，她請真嗣帶她到NERV總部參觀。
　　
　　到了總部門口，雖然需要檢查工作人員的身份卡，但真奈聰明的讓真嗣背著自己騙過了電腦。
　　
　　真嗣來到L～2的男子更衣室(男子ロツカ )

第三章 約會與敵人

　　回到家中，真嗣給真奈打電話，告訴了她蘆湖之行的安排。真奈听後顯得十分高興。
　　夜里，真嗣想著近來發生的一切以及數天後的約會，一時間無法入眠。
　　
　　約會當天，真嗣乘電車從第3新樂來到銀鈴，之後見到了身穿便裝的真奈。兩人按照原計劃踏上行程，開始了這愉快的一天。
　　
　　坐在長椅上的時候，真嗣與真奈的手握在了一起，兩顆心似乎也貼近了許多。
　　
　　不久前曾出現過的謎之移動物體終于被NERV捕獲，通過美里和明日香的現場調查，發現此物並不是使徒，而是由人制造出來的人型兵器。另一方面，真嗣收到命令，立刻趕回總部待機。
　　
　　在碇司令的命令下，同調率實驗再度開始。心中頗有幾分不滿的真嗣來到了律子博士的研究室中。
　　
　　見到了律子博士，可沒想到她卻決定暫時中止實驗，一切等將那謎之物體回收後再行安排。
　　
　　真嗣見以明日香並且得知駕駛謎之物體的人也是與自己相似的14歲少年。當听說那人正在戰略自衛隊的醫院中治傷時，因為好奇心的驅使，真嗣便決定前去控望一番。
　　
　　在醫院、真嗣又遇見了真奈。真奈稱那傷者是自己的朋友，明日香先行離去，真嗣則與真奈一起來到屋頂。
　　
　　真嗣問真奈與受傷的少年究竟有什麼關系，這時加持出現，他叫兩人以後灑再到這里來。
　　
　　兩人離開醫院，在河岸邊的草地上坐下。此時夕陽西下，真奈與真嗣雖然心中有很多話想說，但一時卻不知該如何表達。
　　
　　真嗣的心亂極了，他不知究竟該相信誰，真奈是否真是同諜的疑問令他坐臥難安。
　　
　　在蘆湖，NERV的行動並未停下。碇司令希望能將中外一架謎之兵器找出來，可惜時間慢慢過去，一切均未有進展。正當美里已有些不耐煩的時候，總部的命令傳來，讓她與真嗣等立刻返回。

第四章 謊言與真相的縫隙中

心靈上的裂痕
　　
　　回到本部後，美里和真嗣得知又是關于真奈的事情。碇司令強行命令真啁交出真奈送給他的那個項鏈，真嗣對此事憤怒異常。
　　
　　真嗣的心被深深刺痛，美里則出言安慰。第二天，外面大雨傾盆，真奈和明日香都沒來上學。面對空空的座位，真嗣的心里很不是滋味。
　　
　　吃飯時，美里來找真嗣，並建議他邀請真奈晚上來家里吃飯。
　　
　　晚上，真嗣接真奈來到家中，但真奈卻顯得有些沉默。美里親自下廚作飯，于是真嗣、真奈、明日香和綾波麗便不得不品嘗這糟糕至極的一餐。吃飯時，真奈對明日香說自己很愛真嗣，結果這頓飯便不歡而散。
　　
　　從第二天起，真奈便一直沒有在學校出現。就這樣，又是幾天過去了……
　　
　　是夜，這人型兵器終于在蘆湖中出現。自衛隊前往陰擊，戰斗展開，可惜他們的炮火對那人型兵器似乎未能造成影響。NEV立刻派真嗣出擊。
　　
　　這天，學校放學時，真奈突然出現在真嗣面前。她焦急地告訴真嗣不久前入院的那個受傷的少年現在已不知去向，真嗣听罷便與明日香以及綾波麗陪真砂一同前往自衛隊醫院調查。
　　
　　眾人來到ICU，果然見到病房中只剩下一張空床。正當此時，一名身穿黑色西裝的男子向真嗣偷襲，大家驚慌中一起躲進了洗手間。
　　
　　明日香利用手提電話與美里取得聯系，美里立刻駕車來到醫院門外接應。真嗣等人喬裝打扮，混出了大廳。
　　眾人坐上車，飛快的逃離醫院。這時，穿黑西裝的男子與他的同伙駕駛一輛黑色轎車從後追來，他們甚至開槍射擊，情況危急萬分。
　　
　　美里暫時擺脫了追兵，打電話給律子希望得到她的幫助，誰知律子一听是與真奈有關，便立刻將電話掛斷了，美里無奈之下，決定強行闖入NERV總部。
　　
　　在車上，真奈終于說出自己的身份，原來她和另外兩名少年都是軍部一個武器開發計劃的駕駛員。他們在軍中受訓時，經常受人期負，終于有一天他們帶同兩部人型兵器踏上逃亡之旅。真奈亦承認自己來這里的目的，是想探听EVA的秘密，可對真嗣的感情卻是真誠的。

第五章 是否該這樣分離

　　車子疾駛向NERV的大門，可誰知前面的路居然已被封鎖。站在最前面的便是司令官、真嗣的父親碇元渡。美裡無法違抗上級的命令，只好聽憑真奈被人帶走。而面對真嗣的哀呼，碇司令根本無動於衷。
　　
　　晚上，真嗣與裡因為白天發生的事而心情極差。加持到來，他責怪美裡竟對無辜的人被害而熟視無睹。
　　
　　真嗣來到NERV總部在L-3的中央作戰司令室見到父親碇司令和冬月副司令，他們對真嗣的苦惱似乎並不在意。
　　
　　來到L-1，沿C2通路進入庭園，在這兒又遇見加持，在加持的鼓勵下，真嗣決定去尋找真奈的下落。
　　
　　真嗣、明日香、東治、劍介、光等五人來到真奈的家，可惜在這裡未能找到有用的線索，只看到一行巨大人型兵器的足跡，眾人猜測這是真奈的同伴之一留下的。
　　
　　大家根據地圖以及過去人型兵器活動的範圍思考良久(選四次考慮)，制定追蹤之策。
　　上學時聽到嘈雜聲，真嗣來到外面看見校外有一輛貨車，真奈 正被關在車後的鐵籠內。
　　真嗣等隨後追蹤，來到湖邊。原來，軍方是想以真奈為誘餌，引她的那名同伴出現。
　　樂治和劍介在對岸用煙火吸引住自衛隊的注意力，而真嗣則趁機來到關真奈的鐵籠邊。
　　巨大的人型兵器從湖中出現，它突破自衛隊的火力網，並開始四處破壞。
　　軍方無耐之下只好請NERV相助。美裡驅車來到，接真嗣回總部啟動EVA初號機。
　　零號機、初號機、二號機一同出動，但真嗣因為對方劫持關關有真奈的鐵籠，所以遲遲不敢出手。
　　人型兵器開始逃走，真嗣和明日香切斷了電源隨後追趕，可惜直到後備電源用光也未能追上。
　　軍部為避免這人型兵器逃離日本而引起國際爭端，所以決定投下NN爆雷將一切抹消!
　　
　　真嗣與奈對視良久，真奈告訴他蘆湖的約會以及美裡的晚餐都令自己終生難忘，而現在一切都將結束。「對不起，再見了，真嗣君!」
　　
　　NN爆雷投下，人型兵器被蒸發成一快結晶。大家都認為真奈已不可能生存，但只有真嗣堅信她仍在人間。
　　
　　晚上，真嗣與明日香共進晚餐，而對意志消沉的真嗣，明日香似乎也變得乖巧了許多。
　　
　　第二天，真嗣獨自坐在長椅上，思考著以後的路該如何去走。

結局1選擇「アスカのことがになる」
　　
　　真嗣找到明日香，他決定忘記真奈，於是兩人一起來到蘆湖邊，將當初與真奈約會時的照片燒掉。雖然因為真嗣有些捨不得丟棄真奈送給他的那只項鏈而令明日香十分不快，但天公作美，一場大雨終於令兩人相擁在一起。
結局2選擇「マナのことが……」
　　
　　真嗣乘火車來到附近城鎮導訪真奈的下落，果然找到了被救生倉所救的真奈。真嗣半她帶回家中，可惜好景不長，加持來到並稱如果真奈想過平靜日子，就必須改名換姓，這意味著真奈將永遠不能再與真嗣相見。真嗣將真奈送到車站，告別之後，兩人又要繼續各自的人生之路了。